حين قدم الإمام الحسين عليه السلام إلى كربلاء، صحب معه أبناءه وأهله، ومن بينهم زين العابدين وفاطمة وطفلهما محمد عليهم السلام.
كان الباقر يبلغ الرابعة من العمر، وفي طفولته هذه رأي بأم عينيه ما جرى في كربلاء، رأى مقتل جدّه الحسين، ورأى الأصحاب والأهل يتساقطون على الثرى، رأى الدماء والويلات، رأى كيف سيق مع من تبقّى من أهله أسرى إلى الكوفة والشام، رأى رأس جدّه يرفع على سنان الرمح. رأى أعياد وأفراح الناس، رأى طريقة الطاغية يزيد في معاملة أهل بيت الرسول. وكلّ ما قيل هنا وهناك وهنالك سمعه وفهمه ووعاه. وهكذا بدأت طفولته عليه السلام، وفي غمرة هذا الجحيم من الأحداث المتوالية، بدأ يتلقّى علومه على يد أبيه.
أمّا الحكم الأموي. فقد عانى عليه السلام منه الكثير. فقد عاصر حكم يزيد، وشهد حكم عبد الملك والوليد وهشام ابنيه، كما رأى مسلك الحجّاج ابن يوسف، هذا الذئب من ذئاب جهنم، رأى الحصار الذي فرض على أبيه الجليل، رأى كيف كان الناس يتحرّكون بكامل حرّيتهم؛ فيقولون ما يشاؤون ويكتبون ما يشاؤون، إلاّ أهل بيت الرسول، فالحرّيّة محظورة عليهم، والناس لا يجرؤون على الاقتراب من بيت الإمام، أو سؤاله عن أيّ مسألة، دينيةٍ كانت أم غير ذلك، لا لشيءٍ؛ إلاّ لأنّ زين العابدين هو ابن الحسين وحفيد علي بن أبي طالب عليهم السلام.
ورغم هذا التضييق الشديد فقد كان هناك رجال صدقٍ، لا يأبهون لأوامر الحكّام، ويحضرون للقائه عليه السلام، وكان جابر بن عبد الله الأنصاري أحد هؤلاء، وجابر هو آخر من بقي من أصحاب الرسول في تلك الأيام، وقد أصبح شيخاً طاعناً في السن.